Gelasius đã không ngừng khẳng định thẩm quyền của Roma trên toàn bộ giáo hội, Đông và Tây. Bossuet nói: "không ai đã nói về sự vĩ đại của Toà trên đó các Đức Giáo hoàng ngự một cách vẻ vang hơn người". Vào năm 494, ông đã viết một lá thư cho hoàng đế Anastasiô. Trong đó ông đã trình bày sự khác biệt giữa hai "quyền hạn", mà ông gọi là "thẩm quyền của Giám mục"(auctoritas sacrata pontificum) và "thẩm quyền của hoàng đế" (regalis potestas).

Ông viết: "Hai quyền hành, thưa Hoàng đế uy nghi, ngự trị trên thế giới: quyền linh thánh của các Giám mục và quyền của các vua. Quyền của các Giám mục càng thắng trên quyền của các vua thì các Giám mục sẽ càng phải trả lời cho tòa án của Thiên chúa về mọi người, kể cả các vua. Vậy, bệ hạ nhân đức sẽ chỉ có thể kết luận rằng không ai, vào bất cứ thời đại nào, dưới bất cứ một lý do con người nào, có quyền đức lên chống lại chức vụ tuyệt đối duy nhất của con người này mà giới luật của chính Đức Kitô đã đặt đứng đầu tất cả mọi người và Hội thánh nhìn nhận là thủ lĩnh của mình".

Ông cố gắng đạt đến một sự hoà giải giữa Giáo hội Đông Phương với Tây Phương nhưng ông đã không thành công bởi vì sự chống đối của Hoàng đế Anastasius. Ông dùng tài sản của Giáo hội để đáp ứng những thiếu thốn của dân chúng trong thời kỳ đói kém và bệnh dịch hạch. Mặc dù triều đại của ông chỉ kéo dài gần 4 năm, nhưng ông đã có những đóng góp quan trọng vào các mối liên hệ giữa Giáo hội và Nhà nước và vào chính ý niệm về chức Giáo hoàng.